Během své existence prošla několika opravami a rekonstrukcemi. Nejvýznamnější přestavbou prošla věž v letech 2000-2002, kdy byla postavena věž ve věži. Vestavba nové, moderní věže do té historické se zcela podřídila požadavkům památkové ochrany. Železobetonová samonosná konstrukce se vůbec nedotýká původního kamenného zdiva zvonice. Jedná se doslova o věž ve věži, která je svým využitím pro mnohoúčelové zpřístupnění veřejnosti unikátem ve střední Evropě. Příchozí mohou navštívit deset pater věže. Naleznou zde dosud utajenou vyhlídku na Prahu, unikátní interaktivní výstavu o 120 pražských věží, muzeum věnované Jindřišské věži, galerii, Whiskerii s kavárnou a luxusní restauraci. V prostorech restaurace se nachází zvon sv. Maria, mimochodem desátý nejstarší dochovaný zvon v Praze. Zvonice má také zvonkohru, která je instalovaná v krovu věže. Po věži se lze pohybovat jak po schodišti, tak i za pomocí výtahu.
A víte z kolika zvonů se skládá zvonkohra na Jindřišské věži?
Z 10 zvonů a zvonků.